
Les îles Banda sont un archipel d'îles volcaniques d'Indonésie appartenant à la province indonésienne des Moluques. Elles sont situées dans la mer de Banda, au sud-est de l'île d'Ambon, à 140 km au sud de celle de Céram. Elle couvrent une superficie de 44 km2. La population de l'archipel est d'environ 14 000 habitants.

Biak ou Höuch'Piak en transcription mélanésienne locale, est une île d'Indonésie située dans l'océan Pacifique, au nord-ouest de la Nouvelle-Guinée, dans les îles Schouten. Administrativement, elle fait partie du kabupaten de Biak Numfor dans la province de Papouasie. La principale agglomération de l'île, Kota Biak, rassemble la majorité de la population.

Cubadak est une île d'origine volcanique dans le kabupaten (département) de Pesisir Selatan, dans la province indonésienne de Sumatra occidental.

Deli est une petite île de l'océan Indien située à environ 15 km au large de la presqu'île d'Ujung Kulon à l'extrémité occidentale de l'île de Java en Indonésie.

Les îles Derawan sont un archipel de 31 îles situé dans le kabupaten de Berau dans la province indonésienne de Kalimantan oriental, dans la mer de Célèbes, à 2° 15′ N, 118° 25′ E . Les îles principales sont Derawan, Sangalaki, Kakaban, Maratua, Panjang et Samama. L'archipel comprend également des îlots. Deux des îles sont habitées, Derawan et Maratua.

Les îles Gili, Gili Islands en anglais, est un terme qui désigne trois petites îles d'Indonésie situées au large de la côte nord-ouest de l'île de Lombok : Air, Meno et Trawangan. Cette appellation est un abus de langage, puisque gili veut dire « île » en sasak, la langue de la majorité des habitants de Lombok. Toutes les îles qui entourent Lombok portent d'ailleurs un nom précédé de gili, par exemple Gili Nanggu, située au sud-ouest de Lombok. La plus grande est Trawangan avec 2kmX1km, la plus petite est Gili Meno. Les trois iles étaient sans habitants permanents avant le développement du tourisme à la fin des années 80 - début 90.

Kakabia, en indonésien Pulau Kakabia, est une île d'Indonésie située dans la mer de Florès, au sud de l'île de Buton et à l'est de l'atoll de Taka Bonerate.

Les îles Kangean sont un archipel situé dans la mer de Java, à environ 120 km au nord de Bali et 120 km à l'est de Madura.
L'archipel des Karimunjawa, situé à environ 80 kilomètres au nord-ouest de Jepara, est formé de 27 îles rocheuses dans la mer de Java. Sa population est d'environ 8 000 habitants. Administrativement, l'archipel fait partie du kabupaten de Jepara, dans la province indonésienne de Java central.
Le Krakatoa, Krakatau ou Gunung Krakatau en indonésien et en javanais, est un volcan de subduction de la ceinture de feu péri-Pacifique, et dont les éruptions sont à forte dominante explosive. Constituant une île volcanique, il forme un archipel de quatre îles principales dans le détroit de la Sonde en Indonésie, entre Sumatra et Java. Sa géographie a été bouleversée au moins à deux reprises, au cours des deux grandes éruptions des années 416 ou 535 et 1883. Malgré ces événements, l'archipel accueille une vie animale et végétale riche, notamment grâce au climat tropical dont il bénéficie. L'archipel fait partie du parc national d'Ujung Kulon, classé au patrimoine mondial de l’humanité par l'UNESCO.
Lembeh, en indonésien Pulau Lembeh, est une île d'Indonésie située dans la mer des Moluques, face à la ville de Bitung dont elle dépend administrativement. L'île est séparée de Célèbes par le détroit de Lembeh et constitue un site apprécié de plongée sous-marine en raison de son importante biodiversité.

Les îles Padaido sont un groupe d'îles d'Indonésie situées près de la Nouvelle-Guinée occidentale.
L'archipel indonésien des Raja Ampat est situé près de la côte nord-ouest de la Nouvelle-Guinée. Il est constitué de quelque 1 500 îles, souvent montagneuses, dont les plus grandes sont Waigeo, Batanta, Salawati et Misool. Les trois premières se situent dans l'océan Pacifique, Misool se trouvant en mer de Seram. D'autre part, cette dernière mer abrite sur sa bordure nord les îles Raja et Kofiau. D'autres îles émergent en mer d'Halmahera. La superficie totale de l'archipel est d'environ 46 000 km2.

Les îles Sabalana, en indonésien Kepulauan Sabalana, sont un atoll d'une trentaine d'îles en Indonésie, situé à 160 km au sud-sud-ouest de Makassar, la capitale de la province de Sulawesi du Sud. Elles s'étendent sur deux récifs de coraux et couvrent une superficie de quelque 700 km² et constituent l'un des plus grands atolls d'Indonésie. Les îles principales sont Balobaloang, Sabaru et Sumanga'.

Selayar, en indonésien Pulau Selayar, est une île d'Indonésie située dans le prolongement de la pointe sud-ouest de Sulawesi. L'île est la plus grande des îles Selayar, un archipel baigné par la mer de Florès. Administrativement, Selayar fait partie du kabupaten des îles Selayar, dans la province de Sulawesi du Sud.

Les îles Seribu, en indonésien Kepulauan Seribu, c'est-à-dire "les mille îles", sont une chaîne d’îles située à 45 km au nord de la capitale de l'Indonésie, Jakarta.

Le parc national de Taka Bonerate est un parc national situé dans le nord-ouest de la mer de Flores. D'une superficie de 5 308 km², il contient 15 îles et le 3e plus grand atoll du monde, après Kwajalein dans les îles Marshall et Suvadiva dans les Maldives. La superficie totale de l'atoll est d'environ 2 200 km², les récifs de coraux couvrant quelque 500 km².

Les îles Tukang Besi, en indonésien Kepulauan Tukang Besi, sont un archipel situé au sud-est de l'île indonésienne de Sulawesi. Elles sont formées des sous-ensembles suivants :Les îles Wakatobi : Au nord-est : Wangiwangi, Kambode, Kampenane, Timor Au nord : Kaledupa, Hoga, Pulau Linea Au sud : Tomia, Talondano, Lineta, Binongko À l'est : Moromaho, Cowocowo, Kentiole, Runduma, Anano Partie occidentale de l'atoll : Karang Kapota, Karang Kaledupa Partie orienale de l'atoll : Karang Koromaha, Karang Kadupa Les îles Langkesi au nord-est.

Le parc national d'Ujung Kulon est un parc national situé dans l'extrémité occidentale de l'île de Java en Indonésie. Il comprend le groupe d'îles volcaniques du Krakatoa et d'autres îles, dont Handeuleum et Peucang. Sa superficie est de 1 206 km2, dont 443 km2 situés sur l'espace maritime.

Weh est une île située à la pointe nord de l'île indonésienne de Sumatra. Elle est ainsi la partie la plus occidentale de l'archipel. Administrativement, elle fait partie de la province d'Aceh. La seule agglomération de l'île est la ville de Sabang.